用支付宝发工资合法。法律依据明确，工资发放平台无限制，按时发放是关键。《非银行支付机构网络支付业务管理办法》规定，支付机构可为用户提供网络支付服务，支付宝属于此类支付机构，合法合规。不及时发工资可能违反《劳动法》，影响员工权益。
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处理工资发放问题，法律上常见的处理方式是：确保按时通过合法支付渠道发放，无论选择哪种平台。可选方式有银行转账、支付宝企业付款等，关键在于保障员工权益和财务合规。推荐选择有支付牌照的第三方支付平台，如支付宝，同时确保符合公司财务规定。
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公司用支付宝发工资，操作需注意：1. 确认支付宝为企业账户，非个人账户，以确保资金安全。2. 按时发放，避免违反《劳动法》关于工资支付的时效性规定。3. 保留发放记录，作为财务合规和员工权益的凭证。