首先，合作建房协议书应明确双方基本信息及建房具体事宜。其次，根据《合同法》的相关规定，合作建房协议应详细列明双方权利义务，以避免未来纠纷。《合同法》要求合同内容应具体明确，否则可能影响合同效力。若协议不明确，可能导致双方权责不清，发生争议时难以解决。
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合作建房协议书的常见处理方式包括：明确双方基本信息、详细列明建房资金、设计、建筑、报批手续、产权分配、违约责任等条款，并最后约定合同生效条件及签字日期。建议咨询专业律师起草，以确保协议合法有效。
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合作建房协议需明确以下几点：1. 双方身份信息必须详尽；2. 建房资金来源、使用及管理需清晰；3. 设计、建筑要求及标准应明确；4. 报批手续及流程需详细；5. 产权分配方式及比例应无误；6. 违约责任需具体，以便执行；7. 合同生效条件及双方签字、日期不可少。